De richtlijn voorziet ook in bepalingen die moeten voorkomen dat de ERU’s en de CER’s twee keer worden geteld wanneer zij worden gegenereerd door middel van activiteiten die ook een vermindering of beperking meebrengen van de emissies uit installaties die onder Richtlijn 2003/87/EG vallen.
Darüber hinaus sieht die Richtlinie Maßnahmen vor, um zu verhindern, dass diese Gutschriften doppelt erfasst werden, wenn sie für Maßnahmen erteilt wurden, die gemäß der Richtlinie 2003/87/EG sowohl eine Verringerung als auch eine Begrenzung von Emissionen aus Anlagen bewirken.