Zoals in het Witboek over de hervorming van de Commissie staat, zal elk directoraat-generaal een gespecialiseerde controle-eenheid oprichten. Die zal rechtstreeks verslag uitbrengen aan de directeur-generaal, het interne controlesysteem van het directoraat-generaal bewaken en controle uitoefenen op het beheer en de aanwending van gelden die de Commissie aan externe begunstigden uitbetaalt.
Wie in dem Weißbuch „Die Reform der Kommission“ dargelegt, wird in jeder Generaldirektion (GD) eine spezielle Auditeinheit eingerichtet, die dem Generaldirektor direkt unterstellt ist und das interne Kontrollsystem der GD sowie die Verwaltung und Verwendung der für externe Begünstigte bestimmten Kommissionsmittel überprüft.