De verordening zet niet alleen de bepalingen die van kracht zijn op het niveau van de lidstaten, om naar het niveau van de communautaire instellingen, maar zij stelt ook een onafhankelijk controleorgaan in, de Europese toezichthouder voor gegevensbescherming, die ermee is belast ervoor te zorgen dat de verordening wordt toegepast, en die wordt bijgestaan door een adjunct-toezichthouder.
Neben der Umsetzung der in den Mitgliedstaaten geltenden Vorschriften auf der Ebene der Gemeinschaftsorgane wird eine unabhängige Kontrollbehörde eingesetzt, der Europäische Datenschutzbeauftragte, dessen Aufgabe es ist, für die Anwendung der Verordnung zu sorgen, und der von einem stellvertretenden Datenschutzbeauftragten unterstützt wird.