Net zoals de andere industrieën in de regeling zullen ze in staat zijn om door hen niet benodigde emissierechten op de markt te verkopen, maar wanneer hun emissies hoger liggen, dan zullen ze meer emissierechten moeten kopen of overnemen uit schone energieprojecten in derde landen.
So wie andere am ETS beteiligten Branchen wird es dem Flugverkehr möglich sein, nicht benötigte Zertifikate am Markt zu verkaufen, doch im Falle höherer Emissionen muss er Zertifikate dazukaufen oder über in Drittländern durchgeführte Klimaschutz-Projekte Emissionsguthaben erwerben.