Uit het proces inzake de evaluatie van de activiteiten van het Agentschap, die om de vijf jaar door de raad van bestuur wordt verricht, is tot dusverre gebleken dat de weerslag van zijn activiteiten op de mensenrechten nooit in detail is onderzocht, ondanks de oproep van het Europees Parlement in zijn resolutie van 18 december 2008 om "de werkzaamheden van Frontex nader te toetsen op hun effect op de fundamentele vrijheden en rechten, waaronder de taak om te beschermen".
Die Evaluierung der Tätigkeiten der Agentur, die vom Verwaltungsrat alle fünf Jahre durchgeführt wird, hat bislang ergeben, dass die Auswirkungen der Tätigkeiten der Agentur auf die Menschenrechte nie im Einzelnen bewertet worden sind, obwohl das Europäische Parlament am 18. Dezember 2008 in seiner Entschließung gefordert hatte, „die Tätigkeiten der FRONTEX im Hinblick auf ihre Auswirkungen auf die Grundrechte und -freiheiten, einschließlich der „Schutzverantwortung“, eingehend zu prüfen“.