Het agentschap werkt nauw samen met de dienst van de Europese Commissie die verantwoordelijk is voor het gezondheids- en consumentenbeleid, en beheert de programma'’s van de Europese Unie op het vlak van volksgezondheid, consumentenbescherming en voedselveiligheid.
In enger Zusammenarbeit mit der für Gesundheits- und Verbraucherpolitik zuständigen Abteilung der Europäischen Kommission verwaltet die Agentur die Programme der Europäischen Union in den Bereichen öffentliche Gesundheit, Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit.