Ten aanzien van de agentschappen heeft het EP de taak hun activiteiten voortdurend te controleren, zoals gesteld in de conclusies van de bemiddeling op 13 juli 2007, waarin de beide takken van de begrotingsautoriteit "wat betreft de gedecentraliseerde agentschappen meer doorzichtigheid verlangen teneinde hun ontwikkeling beter te kunnen controleren".
Das Europäische Parlament tritt bezüglich der Agenturen für eine ständige Überwachung ihrer Tätigkeit ein, wie in den Schlussfolgerungen des Vermittlungsverfahrens vom 13. Juli 2007 vorgesehen, in denen die beiden Teile der Haushaltsbehörde „mehr Transparenz in Bezug auf die dezentralen Einrichtungen [fordern], um deren Entwicklung besser überwachen zu können“.
