De Dublinverordening bevat eveneens twee bepalingen met een discretionair karakter, die het systeem de nodige flexibiliteit verlenen: de "soevereiniteitsclausule" en de "humanitaire clausule".
Zur Gewährleistung eines erforderlichen Maßes an Flexibilität enthält die Dublin-Verordnung mit der „Souveränitätsklausel“ und der „humanitären Klausel“ zwei Kannbestimmungen.