Ondanks deze algemene positieve beoordeling wordt in alle drie de verslagen van de Europese Commissie betreffende de uitvoering van het Kaderbesluit 2002 gewezen op problemen met de werking van het systeem (zoals niet-naleving van procedurele rechten van verdachten en beklaagden, slechte detentieomstandigheden, vermeend buitensporig gebruik van EAB's door sommige lidstaten en niet-toepassing van het evenredigheidsbeginsel). Dit lijkt tevens door statistieken te worden bevestigd: tussen 2005 en 2009 zijn er 54 689 EAB's uitgevaardigd en slechts 11 630 EAB's ten uitvoer gelegd.
Trotz der insgesamt positiven Bewertung werden in allen drei Berichten der Kommission über die Umsetzung des Rahmenbeschlusses von 2002 Defizite bei der Funktionsweise des Systems offengelegt (Nichteinhaltung von Verfahrensrechten von Verdächtigen und Beschuldigten, schlechte Haftbedingungen, angebliche Überbeanspruchung des EuHb durch einige Mitgliedstaaten, mangelnde Anwendung des Grundsatzes der Verhältnismäßigkeit usw.). Dies scheint statistisch belegbar zu sein: Zwischen 2005 und 2009 wurden 54 689 EuHb ausgestellt, und es wurden nur 11 630 EuHb vollstreckt.
