De bevoegde agentschappen, zoals met name Eurojust, EPA en Enisa, alsook de EU‑CERT, moeten rechtstreeks bij de activiteiten van het EC3 worden betrokken, niet alleen via de programmaraad van het EC3, maar in voorkomend geval ook door operationele samenwerking, voor zover die binnen hun mandaat valt.
Die zuständigen Agenturen (vor allem Eurojust, CEPOL und die ENISA) sowie das IT-Notfallteam der EU würden unmittelbar in die Arbeit des Zentrums eingebunden: zum einen durch die Mitwirkung im Programmausschuss, zum anderen durch eine je nach Bedarf erfolgende operative Zusammenarbeit.