In dat protocol wordt ook ingegaan op de speciale situatie van Liechtenstein. Er is immers gebleken dat de nauwe juridische en administratieve banden tussen Liechtenstein en Zwitserland, en met name de douane-unie, incompatibel waren met de deelneming van Liechtenstein aan de EER los van Zwitserland, en dat Liechtenstein zijn betrekkingen met Zwitserland moet herdefiniëren alvorens het de EER-overeenkomst kan toepassen.
Dieses Protokoll geht auch auf die besondere Lage des Fürstentums Liechtenstein ein. Wegen dessen engen rechtlichen und administrativen Bindungen zur Schweiz, insbesondere im Rahmen der Zollunion, konnte das Fürstentum unabhängig von der Schweiz nicht am EWR teilnehmen, ohne zunächst seine Beziehungen zur Schweiz neu zu bestimmen.