Toch heeft mobiliteit in de EHOR soms ook onbedoelde gevolgen: aan de ene kant de toestroom van studenten uit lidstaten, met name in sommige disciplines zoals geneeskunde; aan de andere kant een "brain drain" (hersenemigratie) omdat bekwame studenten in het buitenland gaan studeren en soms niet terugkeren naar hun thuisland als ze hun studies hebben afgerond.
Die Mobilität im EHR hat jedoch manchmal auch unbeabsichtigte Folgen: einerseits einen Zustrom aus anderen Mitgliedstaaten, insbesondere in einigen Fachrichtungen, z. B. Medizin; andererseits einen „Braindrain“, wenn fähige Studierende ihre Heimat für ein Auslandsstudium verlassen und manchmal auch nach Abschluss des Studiums nicht zurückkehren.
