Dit zijn onder andere de complexiteit van de procedures van zowel het ISPA als van de EIB, de afstemming in de tijd wanneer de besluit vorming bij beide instellingen niet parallel verloopt en de noodzaak dat het desbetreffende begunstigde land tijdelijk met beide instellingen te maken heeft om de middelen van de Commissie en van de Bank optimaal voor zijn projecten te benutten.
Dazu gehören unter anderem die Komplexität der Verfahren sowohl des ISPA als auch der EIB, Schwierigkeiten bezüglich des Zeitplans, wenn die Beschlussfassungsverfahren beider Institutionen nicht parallel laufen, und die Notwendigkeit einer frühzeitigen Zusammenarbeit des betreffenden begünstigten Landes mit beiden Einrichtungen, um die Ressourcen der Kommission und der EIB für seine Projekte optimal zu nutzen.