Topnetwerken en geïntegreerde projecten worden vanaf de aanvang van het programma op elk thematisch prioritair gebied en, waar zulks nuttig wordt geacht, als prioritair middel gebruikt met behoud van het gebruik van de specifieke gerichte onderzoeksprojecten en coördinatiewerkzaamheden.
Exzellenznetze und Integrierte Projekte werden bereits mit Beginn des Programms in den einzelnen vorrangigen Themenbereichen als Instrumente genutzt und erhalten Vorrang, wenn dies als angemessen erachtet wird; zugleich werden gezielte spezielle Forschungsprojekte und Koordinierungsmaßnahmen als Instrumente beibehalten.