Voor de uiteindelijke structuur van de ERC staan twee mogelijkheden ter discussie: het reeds genoemde uitvoerend agentschap, dat heel duidelijk de voorkeur van de Commissie wegdraagt, en de onafhankelijke structuur zoals beschreven in artikel 171 van het EG-Verdrag.
Für die endgültige Struktur des EFR stehen mit der bereits genannten Exekutivagentur, die ganz offensichtlich von der Kommission favorisiert wird, sowie der unabhängigen Struktur nach Art. 171 EG-Vertrag zwei Alternativen zur Diskussion.