Ook de bilaterale samenwerking is van aanzienlijke omvang: Brazilië is een van de grootste deelnemers van buiten de EU aan het zesde kaderprogramma voor onderzoek (FP6, 2002–2006). Gezamenlijke onderzoeksactiviteiten op bilateraal en biregionaal niveau vinden plaats op alle grote themagebieden, uiteenlopend van milieu, voedsel en gezondheid tot energie en oppervlaktevervoer.
Auch der bilateralen Zusammenarbeit in diesem Bereich kommt große Bedeutung zu, denn Brasilien zählt zu den wichtigsten Drittländern, die am sechsten Forschungsrahmenprogramm teilnehmen (FP6 2002-2006), und beteiligt sich an gemeinsamen Forschungsvorhaben auf bilateraler und bi-regionaler Ebene in allen thematischen Schwerpunktbereichen - von der Umwelt über Lebensmittel und Gesundheit bis hin zu Energie und Landverkehr.