Frontex kan samenwerking met Europol, het Europees Ondersteuningsbureau voor asielzaken, het EU-Bureau voor de grondrechten, autoriteiten van niet-EU-landen en internationale organisaties zoals het Bureau van de Hoge Commissaris van de Verenigde Naties voor vluchtelingen en de Internationale Organisatie voor Migratie (IOM).
Frontex arbeitet mit Europol, dem Europäischen Unterstützungsbüro für Asylfragen, der Agentur der Europäischen Union für Grundrechte, Behörden von Nicht-EU-Ländern und internationalen Organisationen wie dem Hohen Flüchtlingskommissar der Vereinten Nationen und der Internationalen Organisation für Migration (IOM) zusammen.