Ten tweede werd de samenwerking tussen de begunstigden van het project Interreg en het Tacis-programma voor GS sterk gehinderd door uiteenlopende procedures, en waren er zeer weinig Phare-middelen beschikbaar voor de bevordering van gemeenschappelijke of zelfs maar verwante projecten, vooral omdat de regio's van de Phare-landen die aan de NOS grenzen niet in aanmerking kwamen voor het Phare-programma voor GS.
Zweitens stellten unterschiedliche Verfahren eine große Hürde für die Zusammenarbeit zwischen den Begünstigten des Interreg-Programms und des Tacis-CBC-Programms dar, während gleichzeitig nur sehr wenige Phare-Mittel zur Förderung gemeinsamer oder miteinander verknüpfter Projekte zur Verfügung stehen; ein Grund dafür ist die Tatsache, dass die an die NUS angrenzenden Regionen der Phare-Länder nicht im Rahmen des Phare-CBC-Programms förderfähig waren.