De vrees bestaat echter dat sommige lidstaten zich tegen dit initiatief zullen verzetten omdat zij van oordeel zijn dat de inmenging van de Commissie een reële bedreiging vormt voor de nationale soevereiniteit en de nationale bevoegdheden. Vooral de beslissingen betreffende de voorwaarden voor de installatie en exploitatie van nucleaire installaties liggen in dit verband nogal gevoelig.
Einwände könnten jedoch von Mitgliedstaaten erhoben werden, die der Meinung sind, dass sich die Kommission in Angelegenheiten nationaler Souveränität einmischt, was die Zuständigkeit für Entscheidungen zu den sicherheits- und betriebstechnischen Bedingungen kerntechnischer Anlagen betrifft.
