Bovendien leidt het horizontale karakter van veel Europese onderzoeksinfrastructuren in diverse gevallen tot een complexer besluitvormingsproces bij de partners van deze infrastructuren, aangezien daarbij verschillende ministeries en financieringsorganen betrokken moeten worden, bijvoorbeeld op gebieden als gezondheidszorg, onderzoek, mariene aangelegenheden, milieu en energie.
Außerdem hat der Querschnittscharakter vieler europäischer Forschungsinfrastrukturen in mehreren Fällen zu einem aufwändigeren Entscheidungsverfahren zwischen den Partnern dieser Infrastrukturen geführt, da beispielsweise von Gesundheits-, Forschungs-, Meeres-, Umwelt- und Energieangelegenheiten mehrere Ministerien und Förderstellen betroffen sind.