De facto komt het erop neer dat veel lidstaten verwachten dat de naleving van de vlaggenstaatvoorschriften extra kosten zal teweegbrengen, zowel directe (gekwalificeerde controleurs, invoering van administratieve systemen, gekwalificeerd auditpersoneel) als indirecte (delegatie van controle- en certificatiebevoegdheden aan classificatiebureaus), met het risico van overlapping tussen communautaire praktijken en internationale verplichtingen.
Konkret sehen viele Mitgliedstaaten voraus, dass die Einhaltung der Normen als Flaggenstaaten zusätzliche direkte (qualifizierte Kontrolleure, Einrichtung von Verwaltungssystemen, qualifizierte Überprüfer) und indirekte Kosten (Übertragung der Kontrollen und der Bescheinigung an die Klassifikationsgesellschaften) für sie mit sich bringen wird, wobei die Gefahr besteht, dass zur Erfüllung der gemeinschaftlichen und internationalen Pflichten doppelter Aufwand betrieben werden muss.
