Het Gemeenschapsrecht voorziet in controlemechanismen die niet bestaan op het niveau van de derde pijler (d.w.z. in hoofdzaak de justitiële samenwerking tussen de lidstaten), met name de bevoegdheden die aan de Commissie in haar hoedanigheid van hoedster van de verdragen zijn toegekend, en de bevoegdheden van het Hof van Justitie in dit verband.
Dieses sieht Kontrollmechanismen vor, die im Rahmen des dritten Pfeilers (der im Wesentlichen Bestimmungen über die justizielle Zusammenarbeit der Mitgliedstaaten enthält) nicht gegeben sind, insbesondere die Befugnisse, die der Kommission als Hüterin der Verträge übertragen wurden, und die Befugnisse des Gerichtshofs in diesem Zusammenhang.