Uit de bij SAPARD gevolgde programma-aanpak volgt ook dat bij SAPARD de Commissie, in tegenstelling tot bij de andere pretoetredingsinstrumenten Phare en ISPA waarbij minstens enkele kernelementen door de Commissie worden beheerd, niet bij het beheer is betrokken en zelfs niet bij de projectkeus.
Der im Rahmen von SAPARD befolgte Programmansatz hat des weiteren zur Folge, dass im Gegensatz zu den anderen Heranführungsinstrumenten Phare und ISPA, wo zumindest einige Kernelemente von der Kommission verwaltet werden, die Kommission bei SAPARD nicht in das Management des Programms einbezogen ist, nicht einmal bei der Auswahl der Projekte.