Hoewel de doelstellingen van het Dublin-systeem, met name het ontwikkelen van een duidelijke en hanteerbare methode om vast te stellen welke lidstaat verantwoordelijk is voor de behandeling van een asielverzoek, grotendeels zijn verwezenlijkt, bestaan nog steeds problemen met betrekking tot de effectiviteit van het systeem en de praktische toepassing ervan, alsook ten aanzien van de kosten, die niet zijn beoordeeld.
Obwohl allgemein betrachtet die Ziele des Dublin-Systems, insbesondere die Einführung eines klaren und praktikablen Mechanismus zur Festlegung des für die Prüfung des Asylantrags zuständigen Mitgliedstaates, weitgehend verwirklicht wurden, gibt es noch Probleme hinsichtlich der Effizienz des Systems und seiner praktischen Umsetzung sowie hinsichtlich der Kosten, die noch nicht geschätzt wurden.