Hoewel de bedrijfstoeslagregeling vereenvoudigde aanvraag- en betalingsprocedures met zich brengt, heeft zij ook neveneffecten, zoals de toekenning van rechten aan grondeigenaren die voordien nooit een landbouwactiviteit hebben uitgeoefend, en heeft zij geleid tot een grote verschuiving van de EU-steun van de feitelijke landbouwers naar de grondeigenaren.
Die Betriebsprämienregelung bringt zwar vereinfachte Antrags- und Auszahlungsverfahren mit sich, hat aber auch Nebeneffekte, wie etwa die Zuweisung von Ansprüchen an Landbesitzer, die nie zuvor eine landwirtschaftliche Tätigkeit ausgeübt haben. Außerdem hat sie zu einem deutlichen Effekt der Umverteilung der EU-Beihilfe von den Betriebsinhabern hin zu den Landbesitzern geführt.