Hoewel BONUS sterk is toegespitst op milieuonderzoek, heeft het initiatief ook raakvlakken met een aantal verwante uniale onderzoeksprogramma’s die betrekking hebben op een hele reeks menselijke activiteiten die een gecumuleerd effect hebben op de ecosystemen, zoals visserij, aquacultuur, landbouw, infrastructuur (ook op energiegebied), vervoer, opleiding en mobiliteit van onderzoekers en sociaaleconomische problemen.
Auch wenn BONUS weitgehend auf die Umweltforschung ausgerichtet ist, berührt es mehrere thematisch verwandte Forschungsprogramme der Union zu einer Vielzahl von menschlichen Tätigkeiten, deren Folgen für Ökosysteme sich akkumulieren, wie Fischerei, Aquakultur, Landwirtschaft, Infrastruktur (einschließlich im Bereich der Energie), Verkehr, Ausbildung und Mobilität von Forschern sowie sozioökonomische Aspekte.