Uit milieuoogpunt biedt dit type reactoren meerdere voordelen ten opzichte van conventionele met geactiveerd slib werkende waterzuiveringsinstallaties: hardnekkige micro-verontreinigingen worden daardoor effectiever verwijderd en er blijft uiteindelijk een geringere hoeveelheid waterzuiveringsslib over dat ook nog minder toxisch is.
Membranbioreaktoren haben unter ökologischen Gesichtpunkte verschiedene Vorzüge gegenüber konventionellen Belebtschlammanlagen: Sie beseitigen hartnäckige Mikrokontaminanten wirksamer und verringern die Toxizität des anfallenden Klärschlamms.