De interinstitutionele werkgroep zal zich bezighouden met een aantal centrale thema's die door de deelnemende instellingen worden aangedragen, zoals de rol en plaats van de agentschappen in de institutionele structuur van de EU, de oprichting, structuur en werking van de agentschappen, en kwesties op het gebied van financiering, begroting, toezicht en beheer.
Die Interinstitutionelle Arbeitsgruppe wird sich mit einer Reihe ganz entscheidender Fragen beschäftigen, die von den beteiligten Organen angesprochen werden. Dazu gehören u. a. die Rolle und die Stellung der Agenturen im institutionellen Gefüge der EU, ihr Aufbau und ihre Arbeitsweise sowie Fragen zu Finanzierung, Haushalt, Überwachung und Management.