Het EDCTP2 wordt door de EDCTP2-IS uitgevoerd op basis van een jaarwerkplan en een strategisch meerjarenwerkplan, die door de EDCTP2-IS, in overleg met de relevante belanghebbenden, worden opgesteld en die na goedkeuring, via collegiale toetsing, door de Commissie, door de algemene vergadering van de EDCTP2-IS worden vastgesteld.
Das EDCTP 2 wird von der EDCTP-2-Durchführungsstelle auf der Grundlage eines jährlichen Arbeitsplans sowie eines mehrjährigen strategischen Arbeitsplans durchgeführt, die von ihr im Benehmen mit den betroffenen Akteuren aufgestellt und von ihrer Generalversammlung verabschiedet werden; zuvor müssen sie von internationalen Gutachtern bewertet und von der Kommission gebilligt werden.