De structuur van het EIT omvat twee niveaus: een raad van bestuur met een kleine ondersteunende administratie (de kern van het EIT) en een aantal kennisgemeenschappen in heel Europa die op strategische interdisciplinaire gebieden actief zijn.
Das ETI ist in zwei Ebenen gegliedert: einen Verwaltungsrat, der durch eine schlanke Verwaltung unterstützt wird (zusammen bilden sie die „Zentrale“ des ETI), und eine Reihe von Wissensgemeinschaften, die sich über ganz Europa erstrecken und in transdisziplinären Bereichen von strategischer Bedeutung arbeiten.