Ook worden soms zulke hoge drempelwaarden gesteld dat besluitvormers de noodzaak van een m.e.r. voor kleinere projecten vaak van de hand wijzen terwijl die waarschijnlijk wel nodig zou zijn, bijvoorbeeld omdat projecten in kwetsbare gebieden liggen (dit is eveneens een geval van verkeerde toepassing).
Zudem sind die Schwellenwerte in einigen Fällen so hoch angesetzt, dass bei kleineren Vorhaben, die eigentlich eine Prüfung erfordern, weil sich die Standorte beispielsweise in empfindlichen Gebieten befinden, gegen die Durchführung entschieden wird (hierbei handelt es sich um einen Fall von nicht ordnungsgemäßer Anwendung).