Naast de mogelijkheid voor kruisfinanciering van alternatieve infrastructuren biedt de richtlijn opties voor diverse heffingen binnen het trans-Europese netwerk ter verwezenlijking van milieudoelstellingen. Voorts wordt bepaald dat de lidstaten eigenmachtig kunnen besluiten tol te heffen ter bestrijding van files en/of milieuproblemen (zoals de congestieheffing in Londen).
Neben dieser Bestimmung über die Querfinanzierung von alternativen Infrastrukturen sind in der Richtlinie auch weitere Möglichkeiten für unterschiedliche Gebühren im transeuropäischen Netz zur Verwirklichung von Umweltzielen vorgesehen, und es wird präzisiert, dass es den Mitgliedstaaten freisteht, Gebühren zur Bekämpfung von Verkehrsstaus und/oder Umweltauswirkungen (wie z.B. die Londoner Staugebühr) zu erheben.