De eis van aparte beheers- en betaalautoriteiten, de certificering van tussentijdse uitgavendeclaraties en de accountantsverklaring bij de afwikkeling van programma's zijn zaken die in per land totaal verschillende bestuurssystemen moeten worden ingebed.
Die nationalen Verwaltungssysteme, in deren Rahmen die erforderliche Trennung zwischen Verwaltungsbehörden und Zahlstellen, die Bescheinigung der zwischenzeitlichen Ausgabenerklärungen und der Vermerk einer unabhängigen Stelle zum Abschluss der Programme vorgenommen werden, sind sehr unterschiedlich strukturiert.