De administratieve toepassing van cross-compliance brengt reeds voor het bestuursapparaat en voor de landbouwers in de oude lidstaten, die langjarige ervaring hebben opgedaan met de tenuitvoerlegging van het landbouwbeleid, aanzienlijke administratieve en praktische problemen met zich mee. Dit geldt des te meer voor de nieuwe lidstaten die nog maar bezig zijn een op het EU-landbouwsysteem gebaseerd bestuursapparaat op te bouwen.
Die administrative Umsetzung der "cross-compliance" stellt bereits die Verwaltungen und die Landwirte der alten Mitgliedsländer, die langjährige Erfahrung mit der Implementierung der Agrarpolitik haben, vor erhebliche administrative beziehungsweise praktische Schwierigkeiten. Dies gilt natürlich umso mehr für die neuen Mitgliedsländer, die ein dem EU-Agrarsystem entsprechendes Verwaltungssystem erst aufbauen.