Voor de Commissie kan de situatie ook in het geval van lopende onderzoeken lastig blijken te zijn, wanneer zij vragen van het Europees parlement dient te beantwoorden terwijl zij vanwege de onafhankelijkheid van het Bureau doorgaans niet over informatie beschikt en bovendien het beginsel van vertrouwelijkheid bij onderzoeken dient te worden geëerbiedigd.
Für die Kommission können sich insoweit heikle Situationen ergeben, als sie im Zusammenhang mit laufenden Untersuchungen einerseits dem Parlament Rede und Antwort stehen muss (obwohl sie in der Regel aufgrund der Unabhängigkeit des Amtes nicht über die erforderlichen Informationen verfügt), andererseits aber die Geheimhaltungspflicht beachten muss.