Om de richtlijn ten uitvoer te leggen, nemen veel lidstaten hun toevlucht tot belastingvrijstellingen voor brandstoffen, die door de richtlijn betreffende de belasting van energieproducten [8] mogelijk worden gemaakt. Een aantal lidstaten voerde onlangs biobrandstofverplichtingen in: zij verplichten de brandstofleveranciers ertoe een bepaald percentage biobrandstof te mengen in de brandstoffen die zij op de nationale markt brengen.
Viele Mitgliedstaaten setzen die Richtlinie mittels Kraftstoffsteuerbefreiungen um, was durch die Richtlinie zur Energiebesteuerung [8] erleichtert wird. Eine Reihe von Mitgliedstaaten hat jüngst Verpflichtungen bezüglich der Biokraftstoffnutzung eingeführt, nach denen die Mineralölunternehmen den Kraftstoffen, die sie auf dem Markt anbieten, einen bestimmten Prozentsatz an Biokraftstoffen zusetzen müssen.