Naast de oorspronkelijke gegevenscategorieën van het eerstegeneratiesysteem kan in SIS II ook worden gewerkt met vingerafdrukken, foto's, en kopieën van het Europees aanhoudingsbevel; tevens kunnen de belangen van personen van wie de identiteit wordt misbruikt, worden beschermd en kunnen links worden gelegd tussen verschillende signaleringen.
Zusätzlich zu den vom SIS der ersten Generation erfassten Datenkategorien kann SIS II Fingerabdrücke, Fotografien, Kopien des Europäischen Haftbefehls, Vorkehrungen zur Wahrung der Interessen von Personen, deren Identität missbraucht wurde, und Verbindungen zwischen verschiedenen Ausschreibungen bearbeiten.