Artikel 12 van de richtlijn bepaalt dat de Commissie het opzetten van Europese referentienetwerken (ERN's) van zorgaanbieders en expertisecentra (met name op het gebied van zeldzame ziekten) moet steunen door: de criteria en voorwaarden vast te stellen waaraan dergelijke netwerken, en aanbieders die zich daarbij wensen aan te sluiten, moeten voldoen; criteria voor de oprichting en beoordeling van ERN's op te stellen; en de uitwisseling van informatie en expertise betreffende ERN's te bevorderen.
Gemäß Artikel 12 der Richtlinie muss die Kommission die Mitgliedstaaten beim Aufbau Europäischer Referenznetzwerke zwischen Gesundheitsdienstleistern und Fachzentren in den Mitgliedstaaten unterstützen, insbesondere im Bereich seltener Krankheiten. Dies erfolgt durch: Festlegung von Kriterien und Bedingungen, die solche Netzwerke sowie die Gesundheitsdienstleister, die sich den Europäischen Referenznetzwerken anschließen möchten, erfüllen müssen; Ausarbeitung von Kriterien zur Einrichtung und Bewertung solcher Netzwerke; Erleichterung des Austauschs von Informationen und Fachwissen in Bezug auf die Netzwerke.