Met betrekking tot de rol van het Hof van Justitie bepaalt het protocol dat het Hof bevoegd is om uitspraak te doen over geschillen tussen lidstaten over de uitlegging/toepassing van het protocol, wanneer het onmogelijk is gebleken dit geschil binnen zes maanden in de Raad op te lossen ; ook is voorzien in een beperkte bevoegdheid inzake de uitlegging/toepassing van bepaalde artikelen van het protocol voor geschillen tussen lidstaten en de Commissie alsmede in een mogelijkheid voor de lidstaten om daarenboven de bevoegdheid van het Hof voor prejudiciële vragen te aanvaarden ("opting-in") ; dat wil zeggen dat de regels die op de overeenkomst zelf van toepassing zijn, worden overgenomen.
Was die Rolle des Gerichtshofs betrifft, so ist dieser für Streitigkeiten zwischen den Mitgliedstaaten über die Auslegung oder Anwendung des Protokolls zuständig, wenn die betreffenden Streitigkeiten nicht binnen sechs Monaten im Rat beigelegt werden konnten; ferner ist eine auf die Auslegung oder Anwendung bestimmter Artikel des Protokolls beschränkte Zuständigkeit für Streitigkeiten zwischen Mitgliedstaaten und der Kommission vorgesehen sowie die Möglichkeit, daß die Mitgliedstaaten darüber hinaus die Zuständigkeit des Gerichtshofs für Vorabentscheidungen akzeptieren können (opting-in), was also bedeutet, daß die Bestimmungen, die für das Übereinkommen selbst gelten, übernommen werden.