Andere amendementen die niet in het gemeenschappelijk standpunt verwerkt zijn betreffen het gebruik van de urgentieprocedure in het kader van de nieuwe procedure met toetsing, de definities in verband met de nationale veiligheidsvoorschriften en de essentiële vereisten (amendementen 5 en 7), de invoering van een kosten-batenanalyse bij de ontwikkeling van de gemeenschappelijke veiligheidsdoelen (amendement 14) en de mogelijkheid technisch advies bij het Spoorwegbureau in te winnen in geval van een negatief besluit van de nationale veiligheidsinstantie (amendement 22).
Weitere Abänderungen des Parlaments, die nicht in den Gemeinsamen Standpunkt des Rates übernommen wurden, betreffen die Anwendung des Dringlichkeitsverfahrens im Rahmen des neuen Regelungsverfahrens mit Kontrolle, die Festlegung nationaler Sicherheitsvorschriften und die Definition der grundlegenden Anforderungen (Änderungsanträge 5 und 7), die Einführung einer Kosten-Nutzen-Analyse für die Entwicklung von gemeinsamen Sicherheitszielen (Änderungsantrag 14) und die Möglichkeit, ein technisches Gutachten seitens der Agentur anzufordern, wenn die nationalen Sicherheitsbehörden eine ablehnende Entscheidung treffen (Änderungsantrag 22).