De belangrijkste vraagstukken zijn momenteel de verwijzing naar strafrechtelijke sancties en andere strafrechtelijke concepten in een instrument van de eerste pijler en de vraag of bepaalde lozingen als gevolg van schade aan een schip, die onder het MARPOL-verdrag zijn vrijgesteld, moeten worden aangemerkt als overtredingen in de zin van deze richtlijn.
Die derzeit wichtigsten noch offenen Fragen betreffen den Verweis auf strafrechtliche Sanktionen und andere Konzepte strafrechtlicher Art in einem Rechtsinstrument der ersten Säule sowie die Frage, ob bestimmte von Beschädigungen herrührende Einleitungen, die Gegenstand einer Ausnahmeregelung im Rahmen von MARPOL sind, als Delikte im Sinne dieser Richtlinie betrachtet werden sollen.