De belangrijkste in het kader van de bemiddelingsprocedure opgeloste vraagstukken hebben betrekking op de mogelijke vrijstellingen van de noodzakelijke inspraak van het publiek in de opstelling van plannen en programma's die nationale defensiebelangen dienen, een ruimere inspraak van het publiek bij het actualiseren van vergunningen uit hoofde van Richtlijn 96/61/EG inzake geïntegreerde preventie en bestrijding van verontreiniging, en de eventuele toekomstige uitbreiding van de werkingssfeer van de ontwerp-richtlijn.
Die wichtigsten im Vermittlungsverfahren geregelten Fragen betreffen mögliche Ausnahmen vom Erfordernis der Beteiligung der Öffentlichkeit bei Plänen und Programmen, die der nationalen Verteidigung dienen, eine weiter reichende Beteiligung der Öffentlichkeit bei der Aktualisierung von Genehmigungen nach Maßgabe der Richtlinie 96/61/EWG über die integrierte Vermeidung und Verminderung der Umweltverschmutzung sowie eine etwaige künftige Ausweitung des Anwendungsbereichs der im Entwurf vorliegenden Richtlinie.