Zoals bepaald in artikel 2 van het voorstel voor een besluit van de Raad tot verlening van rechtsmacht aan het Hof van Justitie op het gebied van het Gemeenschapsoctrooi, wordt het Gemeenschapsoctrooigerecht niet bevoegd voor geschillen die gedurende de overgangsperiode al aan de nationale rechter waren voorgelegd aangezien de verlening van de rechtsmacht zich niet tot die geschillen uitstrekt.
Gemäß Artikel 2 des vorgeschlagenen Ratsbeschlusses zur Übertragung der Gerichtsbarkeit in Fragen des Gemeinschaftspatents auf den Gerichtshof wird das Gemeinschaftspatentgericht nicht für Rechtssachen zuständig sein, die während der Übergangsphase bei den einzelstaatlichen Gerichten anhängig sind, da diese Rechtssachen von der Zuständigkeitsübertragung ausgenommen sind.