Om deze risico's te beheersen, bestaan er verschillende toezicht- en controlelagen voor de EU-middelen: ten eerste op het niveau van de begunstigden ter controle van aanvragen; ten tweede om na te gaan of regelingen voor het controleren van aanvragen doeltreffend zijn opgezet en functioneren, en ten slotte toezicht door de Commissie om te waarborgen dat de systemen als geheel functioneren.
Es bestehen mehrere Ebenen der Überwachung und Kontrolle von EU-Mitteln, die eine Beherrschung dieser Risiken erlauben sollen: Primärkontrollen auf der Ebene der Begünstigten zur Überprüfung der Anträge, Sekundärkontrollen, mit denen die wirksame Konzeption und Funktionsweise der Primärkontrollen überprüft wird, und schließlich die Gesamtaufsicht durch die Kommission, mit der sichergestellt werden soll, dass die Systeme insgesamt wirksam funktionieren.