Deze beschouwingen betreffende de "verdeling" van het Schengenacquis tussen de eerste en de derde pijler gelden eveneens voor de nodige voorstellen inzake de ontwikkeling van SIS II. Wanneer een "pijleroverschrijdend" voorstel, d.w.z. een voorstel dat tegelijkertijd op de eerste en op de derde pijler is gebaseerd, juridisch niet mogelijk is is de Commissie dan ook van mening dat er parallelle initiatieven op basis van de eerste en de derde pijler zullen moeten worden ingediend.
Diese Erwägungen zur sogenannten Aufteilung des Schengen-Besitzstandes auf den ersten und den dritten Pfeiler gelten in gleicher Weise für die Vorschläge, die zur Entwicklung des SIS II erforderlich sind. Die Kommission ist folglich der Ansicht, dass sobald ein "pfeilerübergreifender" Vorschlag, d. h. der sowohl auf dem ersten als auch auf dem dritten Pfeiler basiert, rechtlich nicht durchführbar ist, parallele Initiativen unterbreitet werden müssen, die auf dem ersten und auf dem dritten Pfeiler beruhen.