De voornaamste punten van onenigheid betroffen toen de implicaties voor de handel in landbouwgrondstoffen in de vorm van veranderde levende organismen die uit de moderne biotechnologie voortkomen voor voedingsmiddelen, diervoeder en verwerking, voorzover die vallen onder de bepalingen betreffende de procedure voor voorafgaande instemming met kennis van zaken (de AIA-procedure) en de "accompanying documentation", alsmede het verband van het Protocol met internationale overeenkomsten in het kader van de WTO.
Die zu diesem Zeitpunkt bestehenden wichtigsten Meinungsunterschiede betrafen die Auswirkungen, die sich für den Handel mit landwirtschaftlichen Grundstoffen - in Form von aus der modernen Biotechnologie hervorgegangenen lebenden veränderten Organismen - für Lebensmittel, für Futtermittel und für die Verarbeitung ergeben, falls die Bestimmungen des "Verfahrens der vorherigen Zustimmung in Kenntnis der Sachlage (AIA: Advanced Informed Agreement procedure) und die Bestimmungen zu den Begleitdokumenten Anwendung finden, sowie die Beziehung zwischen dem Protokoll und den internationalen WTO-Übereinkünften.
