Met het Verdrag van Amsterdam, dat in 1999 in werking trad, veranderde de situatie nog verder: een sterke verruiming van de gebieden waarop de medebeslissingsprocedure van toepassing was, waarbij ook de oorspronkelijke medebeslissingsprocedure zelf werd gewijzigd. Er ontstond nu de mogelijkheid van overeenstemming in eerste lezing tussen Parlement en Raad, en tevens kwam er meer stroomlijn in de verdere fasen van de procedure.
Der 1999 in Kraft getretene Vertrag von Amsterdam führte zu einer weiteren Änderung der Lage, wobei die Bereiche, in denen das Mitentscheidungsverfahren Anwendung findet, erheblich ausgeweitet wurden und das ursprüngliche Mitentscheidungsverfahren insbesondere dadurch reformiert wurde, dass die Möglichkeit einer Einigung zwischen Parlament und Rat in Erster Lesung vorgesehen und die weiteren Etappen des Verfahrens gestrafft wurden.
