Artikel 16 van de kaderrichtlijn noemt de diverse verplichtingen van de Europese Commissie, zoals het doen van voorstellen, waaronder specifieke maatregelen tegen waterverontreiniging door bepaalde verontreinigende stoffen of groepen van verontreinigende stoffen die een belangrijk risico vormen voor of via het aquatisch milieu, opstellen van een lijst van prioritaire stoffen en prioritaire gevaarlijke stoffen, vaststellen van kwaliteitsnormen voor concentraties van prioritaire stoffen in oppervlaktewateren, sedimenten of biota.
In Artikel 16 der Rahmenrichtlinie sind die verschiedenen Verpflichtungen der Kommission aufgeführt, etwa die Ausarbeitung spezifischer Maßnahmen zur Bekämpfung der Wasserverschmutzung durch einzelne Schadstoffe oder Schadstoffgruppen, die ein erhebliches Risiko für oder durch die aquatische Umwelt darstellen, die Erstellung einer Liste prioritärer Stoffe, unter anderem der prioritären gefährlichen Stoffe, aber auch die Festlegung von Qualitätsnormen für die Konzentrationen der prioritären Stoffe in Oberflächengewässern, Sedimenten oder Biota.