Overeenkomstig de voor de periode 2000-2006 geldende bepalingen worden niet steeds weer voorschotten verstrekt zoals het geval was bij de vorige regeling, maar vergoedt de Commissie de door de begunstigden gedane betalingen, wat betekent dat deze vergoeding plaatsvindt na de oproepen om blijken van belangstelling te geven, het onderzoek van de aanvragen, de keuze van de te financieren projecten, de toekenningsbesluiten, de aanbestedingen, de start van de projecten, de betalingen, de controles en de declaratie bij de Commissie, die over 60 dagen beschikt om de betrokken vergoeding te betalen.
Anstelle des bisherigen Systems der ständigen Vorauszahlungen erstattet die Kommission gemäß den Bestimmungen für den Zeitraum 2000-2006 die von den Endbegünstigten getätigten Zahlungen, das heißt erst im Anschluss an Aufrufe zur Interessenbekundung, die Bearbeitung von Anträgen, die Auswahl der zu finanzierenden Projekte, Zuwendungsbescheide, Ausschreibungen, den Start der Projekte, Zahlungen, Kontrollen und Ausgabenerklärungen an die Kommission. Die Kommission verfügt über eine Zahlungsfrist von 60 Tagen.
