De lidstaten kunnen echter, op een transparante en niet-discriminerende manier, een tijdelijke vrijstelling toestaan voor hun binnenlands spoorverkeer voor een periode van maximaal vijf jaar, die twee maal met maximaal vijf jaar kan worden verlengd (en dus in totaal maximaal 15 jaar kan bedragen) en een permanente afwijking voor stedelijke, voorstedelijke en regionale diensten.
Die Mitgliedstaaten dürfen jedoch in transparenter und nicht diskriminierender Weise eine zeitlich begrenzte Ausnahme für den reinen Inlandsverkehr für längstens fünf Jahre erteilen, die zweimal um jeweils maximal fünf Jahre verlängert werden darf (insgesamt also für höchstens 15 Jahre), ebenso eine dauerhafte Freistellung für städtische, Vorort- und Regionalverkehrsdienste.